代表取締役が破産すると、家族の財産も没収されてしまうのでしょうか。

没収されません。
代表取締役の破産はあくまで代表取締役の破産であってそのご家族の破産ではありません。もっとも、代表取締役の方が、破産申立て直前に資産の名義をご家族に変更する行為は否認権行使の対象となり得ます。また、ご家族名義の資産であってもその実質的な帰属主体が代表取締役の方と判断される場合には代表取締役の財産として破産財団を構成することもあり得ます。